В 1993 году компания стала активным игроком на рынке. Трансаэро первой среди российских перевозчиков получила самолет Boeing, статус официального перевозчика от России на рейсы с Израилем и запустила постоянные рейсы внутри страны (Иркутск, Новосибирск) и за ее пределами (США, Германия, Гонконг, Таиланд, Казахстан).
К концу 90-х компания была среди лидеров российского рынка. Перевозчика признают и за рубежом: Федеральная авиационная администрация США (FAA) выдала сертификат на право самостоятельного технического обслуживания самолетов американского производства. Это было важно для компании, так как в авиапарке Трансаэро существенную часть составляли самолеты американского Boeing.
Трансаэро считалась одной из самых больших семейных компаний в России. В 90-е годы компанией управляли мать и сын Татьяна Анодина и Александр Плешаков. В 2001 году должность генерального директора заняла Ольга Плешакова, жена Александра. Под ее руководством Трансаэро начала активную экспансию и существенно расширила авиапарк.
Лидер рынка
2000-е и начало 2010-х годов стали периодом непрерывного развития Трансаэро. Компания закупила дальнемагистральные Boeing-767-300 и расширила географию перелетов. В 2010 году перевозчик доставлял пассажиров в Монреаль, Бангкок, Куала-Лумпур, Денпасар, Санью, Торонто, Вену, Бухару. В том же году компания получила разрешение от властей КНР на перевозку пассажиров в пять китайских мегаполисов.
Трансаэро ассоциировали с комфортными путешествиями. В 2001 году перевозчик перебазировался в Домодедово - самый современный и комфортный российский аэропорт того времени. Спустя два года компания первой внедрила ставший стандартом сегодня принцип регистрации пассажиров на любой рейс авиакомпании. Это сократило время ожидания на стойках в аэропортах. В 2005 году Трансаэро впервые запустила систему покупки авиабилетов через Интернет.
Перевозчик активно развивал премиальные классы обслуживания. Для пассажиров эконом-класса компания полностью переоборудовала самолеты - там установили кресла повышенной комфортности.
Трансаэро первой в России закупила самые большие самолеты в мире - Boeing 777. В 2008 году компания запустила премиальный класс обслуживания "Империал",самый дорогой в России.