В 1992 году Siemens выпустила первый сотовый телефон Siemens P1. В 1998 году компания представила первый сотовый телефон, защищенный от пыли и влаги, для активного отдыха - Siemens S10 D. В 2000 году дочерняя компания концерна представила первую передачу потокового видео по сети. В 2001 году Siemens провела листинг на нью-йоркской бирже.
В 2006 году в штаб-квартире концерна в Германии и в жилых помещениях топ-менеджеров произошел обыск. Правоохранительные органы сообщили о том, что один из сотрудников передал информацию о крупных коррупционных схемах, отмывании денег и "черной" бухгалтерии. После двухлетнего расследования дела Siemens органы установили, что более €1 млрд не принималось к учету с середины 1990-х годов. В 2007 году Siemens начала внутреннее расследование. Приглашенные юристы доказали незаконную утечку от €250 до 300 млн от подразделений компаний, занимающихся производством энергоблоков для ГЭС. Так же расследование показало наличие многочисленных необъяснимых банковских переводов в Лихтенштейн и другие страны с налоговыми льготами. Выяснилось, что с середины 1990-х годов компания систематически давала взятки в своих подразделениях в Будапеште, Ираке, Франции, Нигерии, России, Китае, Израиле, Аргентине, Мексике. Так, одну из схем коррупции раскрыли в Белграде. Предполагалось, что компания незаконно получила заказ на капитальный ремонт от Европейского агентства реконструкции в рамках программы восстановления экономики бывшей Югославии. По итогам конкурса у одного из топ-менеджеров агентства реконструкции появились лимузин и крупная сумма денег на банковском счете. Стоимость капитального ремонта станции в Белграде составляла €50 млн. Это раскрыло и весь теневой глобальный рынок электроэнергии - большинство компаний проводили незаконные транзакции для успешного совершения сделок.
В 2008 году компанию обвинили в даче крупной взятки властям Греции, в том числе лично премьер-министру Костасу Симитису, в период подготовки к Летним Олимпийским играм 2004 года.
По результатам расследования Комиссии по ценным бумагам и Министерства юстиции США Siemens выплатила $800 млн американскому правительству. Прокуратура Мюнхена наложила на компанию штраф в €395 млн. Общая сумма выплат компании превысила $1.6 млрд. Однако Siemens смогла получить компенсацию от бывшего финансового директора Хайнца-Йоахима Нойбюргера в €15 млн и €5 млн от бывшего директора по телекоммуникациям Томаса Гансвиндта. В 2009 году бывший исполнительный директор компании Хайнрих фон Пирер согласился выплатить €5 млн компенсации. Не избежал наказания и бывший председатель правления Йоханнес Фельдмайер за дачу взятки в размере €30 млн в 2001-2006 годах председателю немецкого профсоюза. Обоим вменили тюремные заключения: Фельдмайеру 2 года, председателю профсоюза - 4,5 лет.
Наложенные штрафы и судебные разбирательства вынудили концерн провести реструктуризацию. В 2008 году подразделения Siemens Enterprise Networks, Wireless Modules и дочерние компании по производству турбокомпрессоров были проданы компании Napier Turbocharge. Это лишило более 3000 сотрудников работы. В июле 2008 года Siemens объявила о намерении сократить около 17 тыс. сотрудников. Против этих сделок и сокращений выступили профсоюзные организации и политические деятели Германии. За концерн вступилась федеральный канцлер Ангела Меркель.Она публично поддержала действия компании.
Siemens пришлось продать большую часть своих подразделений и дочерних компаний для выплаты штрафов за ведение "черной" бухгалтерии. Хотя концерн продолжает сохранять высокие места в рейтингах и значимую долю рынков, скандалы отражаются на его деятельности и сейчас. В 2017 году Siemens снова объявила о массовых сокращениях в иностранных подразделениях. В Германии также планируется сократить около 7 тыс. рабочих мест. Эксперты называют возможной причиной резкое падение спроса на продукцию компании. Так, компания с 150-летней историей едва не погубила себя, давая взятки крупным игрокам рынка и подделывая отчетность.